人民法院在审理刑事案件中，根据刑事诉讼法以及最高人民法院以审判为中心的刑事诉讼改革等规定，可以对检察院起诉的公诉案件，按照审理的结果作出独立的判决。如果认为公诉案件起诉的证据不能证明被告人有罪，或者证明本案犯罪事实的事实没有查清，该犯罪行为不是本案被告人所为，或者依法不能排除无罪的合理化怀疑。这种情况下人民法院可以作出无罪的判决。人民法院裁定准许检察院撤回起诉不属于判决，更不能确定被告人有罪，属于程序性决定，如果检察院不再重新起诉案件最终可能会做出无罪的结果（不起诉或者撤销案件），这与人民法院判决无罪区别很大，后者是经过审判确定被告人不构成犯罪。
人民法院判决无罪的案件，如果被告人曾经被羁押的，最初错误批准逮捕的机关，作出错误起诉的检察院可能要承担赔偿责任。根据对被告人羁押的时间，按照我国国家赔偿法的规定，对错误追究刑事责任的人及被错误采取强制措施的人进行相应的赔偿。对于疏忽大意造成错案的司法人员可能还要追究刑事责任。因此，这种情况下，法院作出无罪判决，相对于人民检察院撤回起诉，可能引起的法律后果不同。
根据我国刑事诉讼法规定，审理案件的人民法院对检察院提起公诉的案件相关材料进行审查后，认为案件已经清楚，并对于被告人犯罪事实清楚、有罪证据确实充分的， 应当依法开庭审判。 对于主要事实不清、证据不足的，人民法院可以退回提起公诉的人民检察院补充侦查。人民法院审查案件认为不需要判刑的，法院可以要求人民检察院撤回起诉，检察院撤诉后作出不起诉决定或者退回公安机关撤销案件。
人民法院裁定准许检察院撤回起诉的案件与人民法院经过审理判决无罪的案件最大的区别在于公诉机关是否有案件决定权和主动权。经过法院审判无罪的案件跟好的体现了人民法院以审判为中心的诉讼制度。
法律依据
《最高人民检察院关于公诉案件撤回起诉若干问题的指导意见》
对于提起公诉的案件，发现下列情形之一的，人民检察院可以撤回起诉：
（一）不存在犯罪事实的；
（二）犯罪事实并非被告人所为的；
（三）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（四）证据不足或证据发生变化，不符合起诉条件的；
（五）被告人因未达到刑事责任年龄，不负刑事责任的；
（六）被告人是精神病人，在不能辨认或者不能控制自己行为的时候造成危害结果，经法定程序鉴定确认，不负刑事责任的；
（七）法律、司法解释发生变化导致不应当追究被告人刑事责任的；
（八）其他不应当追究被告人刑事责任的。
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